Estándares de entrega de servicios de detección personalizados para chips de ARN circulares

Servicio de detección personalizado de chips de ARN circular

Introducción a la tecnología experimental: ARN circular(ircrna) es una nueva clase de ARN que se distingue del ARN lineal tradicional, con una estructura de anillo cerrado y una gran presencia en transcriptomas eucariotas. La mayoría de los ARN circulares están compuestos por secuencias de exones, que son conservadoras en diferentes especies, junto con la especificidad de expresión de los tejidos y diferentes etapas de desarrollo. Debido aARN circularNo es sensible a las nucleasas, por lo que es más estable que el ARN lineal, lo que hace que el ARN cíclico tenga ventajas obvias en el desarrollo y aplicación como un nuevo marcador diagnóstico. Estudios recientes han demostrado que el ARN circular actúa como esponja de MIRNA en diferentes especies, llamada ARN endógeno competitivo (cerna), que puede unirse competitivamente a mirna. La interacción con el MIRNA asociado a la enfermedad muestra que el ARN circular juega un papel muy importante en la regulación de la enfermedad.

Proceso de operación experimental:

1. extracción de ARN de la muestra

2. detección de la calidad del ARN

① utilizar nanodrop para determinar el valor de absorción del ARN a 260 nm, 280 nm y 230 nm en el espectrómetro para calcular la concentración y evaluar la pureza.

② se utilizó un reactivo de gel de agarosa modificado para detectar la pureza e integridad del arn.

③ proporcionar informes de control de calidad de arn.

3. tratamiento rnase R

4. síntesis y Etiquetado de muestras de adnc / Arna

5. la prueba de calidad de la eficiencia del marcado utiliza nanodrop para detectar la eficiencia del marcado fluorescente, y la eficiencia del marcado está calificada para garantizar la fiabilidad de los resultados experimentales posteriores del chip.

6. hibridación de chips

Las sondas marcadas se cruzan con chips genómicos de alta densidad en condiciones estándar.

7. adquisición de imágenes y análisis de datos

Utilice el escáner de núcleo genepix 4000b para escanear la intensidad de fluorescencia del CHIP y convertir los resultados experimentales en datos digitales para guardarlos, y utilice el software de apoyo para analizar y calcular los datos originales.

8. presentación de informes experimentales

① imagen de escaneo: imagen de escaneo fluorescente cy3;

② scatter plot: mapa de puntos dispersos, el eje X es el valor de la señal de control y el eje y es el valor de la señal de experiencia, lo que indica la tendencia general de distribución de los datos de la señal;

③ datos raw: datos brutos de la intensidad de la señal de fluorescencia de escaneo de la sonda;

④ datos normalizados: valores después de la estandarización de métodos estadísticos;

⑤ P - valor: T - Test analiza estadísticamente los genes expresados de manera significativamente diferente, cuanto menor sea el P - valor, más significativa será la expresión diferencial del ARN circular entre los dos grupos de muestras.

La lista de ARN circular regulado significant up & down: la lista de ARN circular expresada de manera significativamente diferente contiene información detallada de anotación de Fold change, P - valuel y ARN circular (los sitios de Unión de arnm lineal y MIRNA correspondientes).

El cliente ofrece:

1. el objeto del experimento es una muestra de tejido, tome una cantidad adecuada (50 - 100 mg) de muestras de tejido fresco o muestras de tejido correctamente conservadas y use

Biopulverizer Tm trituró el tejido congelado, agregó el reactivo de extracción de ARN de 1 m, trizor (invitrogen), y extrajo el ARN después de homogeneizar con mini - bead - Beater - 16.

2. el objeto del experimento es una muestra celular, cada muestra toma células 1x106 a 1x107, agrega un reactivo de extracción de ARN de 1 m, triazol (la muestra es una célula adherente, el uso de triazo1 por placa de Petri de 10 cm 2 es de 1 ml), y el ARN se extrae después de la lisis.

Criterios de entrega:

1. datos de detección de chips

2. protocolos de operación experimentales completos, informes experimentales (incluidos los resultados del análisis de software) y materiales experimentales

Servicios experimentales: