Servicios tecnológicos ribo - SEQ

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Principios técnicos

Las proteínas son los principales portadores de las actividades vitales, y la regulación de la traducción es una forma importante de regulación dentro de la célula. La traducción es un proceso en el que los ribosomas leen plantillas de arnm para guiar la síntesis de proteínas y es un paso clave en la expresión génica. El proceso de traducción está estrictamente regulado, y muchas enfermedades están relacionadas con anomalías de traducción, como enfermedades neurodegenerativas, anemia y trastornos del desarrollo. Aunque el estudio de la estructura y función de los ribosomas es relativamente profundo, el mecanismo de regulación y control del proceso de traducción necesita un estudio en profundidad.

Secuenciación de huellas de ribosomas (ribosome profiling,Ribo-seq), puede detectar en detalle el Estado de traducción en el cuerpo.Ribo-seqEl núcleo técnico es identificar el arnm unido al ribosoma y unos 30 nucleótidos que se están traduciendo. La secuenciación de fragmentos de arnm Unidos a los ribosomas permite registrar con precisión la posición de los ribosomas durante el proceso de traducción. Transcriptoma yRibo-seqEl análisis conjunto de datos permite calcular la tasa de síntesis de proteínas.

características técnicas

Ribo-seqPuede revelar el tiempo, el lugar, la ubicación de la síntesis de proteínas, qué proteínas se están sintetizando y los mecanismos regulatorios de la síntesis de proteínas.Ribo-seqSe ha construido un puente entre la transcriptología y la proteómica, que se ha utilizado ampliamente en la investigación de animales, plantas y microorganismos para revelar los mecanismos reguladores del crecimiento y desarrollo, la morfología, la aparición de enfermedades y la respuesta al estrés adverso.

Dirección de la aplicación

Ribo-seqSe aplica al estudio de la actividad de traducción de los transcriptos, la identificación de sitios de inicio de traducción, sitios ORF y mecanismos de regulación de traducción de proteínas.

Ribo-seqLa tecnología se ha utilizado ampliamente en la investigación de animales, plantas y microorganismos para revelar los mecanismos regulatorios del crecimiento y desarrollo, la morfología, la aparición de enfermedades y la respuesta al estrés adverso. En resumen,Ribo-seqPuede detectar el Estado de traducción de proteínas a nivel genómico, obtener información sobre la secuencia de arnm que se está traduciendo y analizar los mecanismos de regulación de la traducción.

Blue View Kexin Advantage

El ciclo experimental es rápido, la calidad es alta y los resultados son estables y confiables.

Amplia experiencia en especies.

Servicios tecnológicos ribo - SEQProceso experimental

Contenido del análisis

Análisis de la Carta de estudiante estándar

(1) filtrado de datos originales y evaluación de la calidad de la secuenciación

(2) comparación para eliminar el ARN ribosomal, el ARN t, el ARN s, etc.

(3) estadísticas de distribución de longitud y filtrado de longitud de reads

(4) comparación del genoma de referencia

(5) análisis de saturación de secuenciación

(6) estadísticas y clasificación de la distribución de radiofrecuencia en el Genoma

(7) análisis del ritmo de las tres bases

(8) estadísticas genéticas de traducción y análisis de la expresión

(9) análisis de la relación de la muestra

(10) análisis genético de la traducción diferencial entre grupos

(11) análisis del enriquecimiento de las funciones go y kegg de los genes de traducción diferencial

Ribo-seqAnálisis conjunto con ARN - SEQ

(1) cálculo de la eficiencia de la traducción

(2) análisis de correlación entre ribo - SEQ y ARN - SEQ

(3) análisis de la asociación entre la eficiencia de la traducción y el nivel de transcripción

Proceso de análisis

Casos experimentales

Requisitos para la entrega de muestras

(1) muestras celulares: se recomienda enviar 5 × 106 - 1 × 107 muestras.

(2) muestras de tejido animal: se recomienda enviar muestras ≥ 300 mg.

(3) muestras de tejido vegetal: se recomienda enviar muestras ≥ 500 mg.

Agrupación de muestras

Al menos dos grupos de muestras, incluidos el Grupo de control y el Grupo experimental, se recomienda el número de muestras: 3 VS 3.

Referencias

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