Los métodos de análisis fenotípicos basados en imágenes, como el análisis de pintura celular ampliamente utilizado, utilizan imágenes de alta connotación y salidas multiparamétricas para estudiar perturbaciones biológicas, genéticas y químicas en las células. Este método cada vez más popular se está aplicando desde proyectos de descubrimiento de medicamentos hasta investigaciones de detección genómica. En el experimento estándar de pintura celular, se recolectaron varios organelos y estructuras celulares (núcleo, citosol, mitocondrias, golgi, retículo endoplásmico, citoesqueleto, ARN celular y núcleo) en cinco canales de imagen. Esta extensa Tinción celular permite monitorear y cuantificar múltiples perturbaciones morfológicas en una resolución unicelular. Las limitaciones del análisis publicado de Cell Painting incluyen una disponibilidad estrecha de tintes adecuada y un sistema de imágenes que proporciona suficiente capacidad de separación espectral. En concreto, el Golgi y la actuando se toman imágenes a través del mismo canal, lo que plantea el desafío de distinguir estas dos estructuras en el análisis de imágenes. Esta restricción puede interferir con la selección de hit o encubrir los efectos de ciertos compuestos, especialmente aquellos que tienen mecanismos de acción que afectan a los Golgi (vías biosintéticas) o a las redes de Citoesqueleto (moa).