Sistema de preparación de muestras de secuenciación genética - Análisis unicelular samplix

El sistema de preparación de muestras de secuenciación genética - samplix single cell Analysis es un instrumento multifuncional y fácil de usar para la preparación de células vivas de mamíferos o microorganismos, organelos celulares, ADN u otros biomateriales para análisis aguas abajo de alta resolución. Se pueden lograr moléculas únicas, células, organelos, encapsulamiento de nanopartículas y clasificación de alto rendimiento. La encapsulación del ADN permite filtrar grandes y complejos bancos de genes a su velocidad.

Preparación de la Biblioteca genética de alta fidelidad

Sistema de preparación de muestras de secuenciación genética - Análisis unicelular samplix: un sistema de encapsulamiento y clasificación de gotas de emulsión de alto rendimiento de una sola célula, una sola molécula y nanopartículas

Wei YiSe pueden lograr moléculas únicas, células, organelos, encapsulamiento de nanopartículas y clasificación de alto rendimiento. La encapsulación del ADN permite filtrar grandes y complejos bancos de genes a su velocidad.

XdropTipo de preparación

Sistema de preparación de muestras de secuenciación genética - Análisis unicelular samplixEs un instrumento multifuncional y fácil de usar para la preparación de células vivas de mamíferos o microorganismos, organelos, ADN u otros materiales biológicos para análisis aguas abajo de alta resolución.

Con nuestro kit xdrop, xdrop encapsula de forma segura y rápida células vivas, organelos o fragmentos de ADN en gotas de doble emulsión de volumen ascendente de piel altamente estables junto con productos químicos de determinación. Estas gotas son estables a través de la pipeta, el vórtice, la incubación, la medición en flujo, la clasificación e incluso el almacenamiento a largo plazo. Más importante aún, las células se pueden recuperar de las gotas para su expansión.

Junto con las técnicas de análisis adecuadas, las aplicaciones xdrop incluyen:

1 células inmunes humanas, células NK

2 secreción enzimática de células microbianas

3 las células de mamíferos secretan citocinas

4 verificación de la edición genética, incluida la evaluación de reordenamientos inesperados en el objetivo y fuera del objetivo

Con xdrop, los investigadores pueden profundizar más fácilmente en las funciones celulares y la genómica de humanos, animales, plantas y microorganismos. Xdrop también puede generar gotas de emulsión única para otros flujos de trabajo, incluida la encapsulación del ADN para una amplificación genómica completa sin desviaciones. Ofrecemos el conjunto completo de reactivos, kits y accesorios necesarios para xdrop. Además, la formación de usuarios forma parte de nuestro servicio de instalación xdrop estándar.

ventaja

1 xdrop puede envolver células vivas de mamíferos o microorganismos en gotas de doble emulsión altamente estables para la determinación funcional, incubación, análisis fenotípico y cribado.

2 xdrop ayuda a responder preguntas clave en la investigación de células de ingeniería y terapia génica.

3 xdrop apoya los flujos de trabajo de ingeniería molecular, incluida la evolución enzimática y la ingeniería de vías.

El 4 xdrop tiene una interfaz fácil de usar y una pequeña superficie, lo que permite a cada laboratorio de biología molecular usar la función * de los microfluídicos.

Kit de emulsión de doble capa

Todos los reactivos están incluidos en el kit y cada operación puede encapsular millones de células o moléculas.

Xdrop OrdenarSelección de puntos de preparación

Los nuevos miembros de esta familia xdrop pueden generar y clasificar gotas de doble emulsión en un flujo de trabajo fácil de usar, sin necesidad de ninguna experiencia en la clasificación celular basada en la fluorescencia.

El flujo de trabajo comienza con la captura de fragmentos de ADN de 100 kb, células pequeñas u otros materiales biológicos en gotas altamente estables para la determinación de PCR y evaluación de la actividad enzimática, entre otros. A continuación, las gotas se clasifican de acuerdo con la fluorescencia del contenido de las gotas para obtener solo las muestras de interés para el análisis aguas abajo de alta resolución, como:

Edición crispr que verifica que no hay desviaciones PCR ocultas para reordenaciones inesperadas

Identificación de virus y sitios de integración transgénica

Evaluación de la actividad enzimática a nivel unicelular

Implementar la selección de buenas prácticas agrícolas de alto rendimiento

Ventajas:

· puede ser específico para enriquecer fragmentos largos

· alta sensibilidad - detección monomolecular

· mantener la internalidad del ADN

· apenas se necesita conocimiento de secuencia previa

· compatible con la secuenciación de pacbio, nanopore e llumina

· configuración fácil a través de un sistema automático de microfluídicos

· reducir el tiempo de rotación de semanas a días

Aplicaciones:

· cambios estructurales

· muestras complejas (por ejemplo, biopsia de cáncer)

· áreas difíciles de secuenciar (por ejemplo, ricas en gc)

· cierre del espacio genómico

· fase genética / genotipado / haploide

· vincular genes resistentes al huésped

· secuenciación de áreas de baja abundancia

· evaluación de áreas duplicadas

· muestras que solo contienen ADN de NaK

Materiales auxiliares

1. cartuchos de tinta de50 - para envolver células de mamíferos en gotas de doble emulsión

Se producen gotas de doble emulsión de hasta 100 pieles altamente estables para encapsular células de mamíferos y convertir células grandes en pruebas unicelulares. El flujo de trabajo con xdrop de50 Cartridge incluye la secreción de citocinas y la determinación de la muerte celular. Basta con cargar el reactivo y la muestra, poner el kit en el xdrop y luego ejecutar el programa.

8 muestras en funcionamiento simultáneo o solo

Hasta 500.000 gotas producidas en cada pista de baño en 8 minutos para incubar las gotas con células en una incubadora de CO 2

Recupera la celda seleccionada para expandirla

2. cartuchos de tinta de20 - para envolver células microbianas, organelos o fragmentos largos de ADN en gotas de doble emulsión

El uso de pequeñas columnas independientes de xdrop de20 produce gotas de doble emulsión altamente estables de aproximadamente 1,5 litros de piel para encapsular millones de células microbianas, organelos celulares o adn. Cada gota actúa como un compartimento para la determinación de la resolución unicelular o el enriquecimiento dirigido del adn. Basta con cargar el reactivo y la muestra, poner el kit en xdrop o xdrop ordenar y luego ejecutar el programa.

8 muestras en funcionamiento simultáneo o solo

Hasta 10 millones de gotas producidas en cada carril de baño en 45 minutos incuban las gotas con células en una incubadora de CO 2

Restaurar las células seleccionadas para ampliar el flujo de trabajo que garantiza la no contaminación

3. caja de clasificación de20 - para clasificar gotas de doble emulsión que contengan ADN o células pequeñas

Las gotas de doble emulsión que contienen ADN fluorescente o células pequeñas se clasifican utilizando la nueva caja de clasificación xdrop de20. Este sistema fácil de usar está diseñado para su uso con nuestro nuevo instrumento, xdrop short, y no requiere experiencia en clasificadores fluorescentes. Solo tiene que cargar el reactivo y la muestra, poner el kit en xdrop START y luego ejecutar el programa de clasificación.

Ejecutar hasta ocho muestras al mismo tiempo clasifica miles de millones de gotas al día para garantizar un flujo de trabajo libre de contaminación

4. cartuchos de tinta se85 - para envolver adn, arn, organelos o células pequeñas en gotas de una sola emulsión

El uso de cartuchos independientes xdrop se85 produce gotas de monoemulsión para encapsular millones de moléculas, organelos o células. Cada gota actúa como un compartimento para la determinación de la resolución monomolecular o unicelular. Basta con cargar el reactivo y la muestra, poner el kit en xdrop o xdrop ordenar y luego ejecutar el programa.

8 muestras en funcionamiento simultáneo o solo

Más de 50.000 gotas producidas en cada pista de baño en 40 segundos garantizan un flujo de trabajo libre de contaminación

aplicación

La tecnología patentada de microfluídicos utilizada por xdrop genera una doble emulsión altamente estable y gotas de emulsión única para encapsular biomateriales.

Este instrumento multifuncional y fácil de usar encapsula componentes vitales, como células vivas de mamíferos y microorganismos, o fragmentos largos de adn, para una serie de propósitos aguas abajo, incluyendo incubación, análisis, Clasificación y análisis de espectro molecular.

Xdrop Short se basa en la tecnología de microfluídicos exclusiva de xdrop y aumenta la capacidad de clasificación fluorescente de gotas de doble emulsión basadas en biomateriales encapsulados.

Las siguientes son algunas aplicaciones representativas.

Análisis de la función celular:

· células inmunes humanas, células NK

· secreción enzimática de células microbianas

· las células de mamíferos secretan citocinas

Aplicaciones genómicas:

· cambios estructurales

· muestras complejas (por ejemplo, biopsia de cáncer)

· áreas difíciles de secuenciar (por ejemplo, ricas en gc)

· cierre del espacio genómico

· fase genética / genotipado / haploide

· vincular genes resistentes al huésped

· secuenciación de áreas de baja abundancia

· evaluación de áreas duplicadas

· muestras que solo contienen ADN de NaK

Aplicaciones de la genómica vegetal:

· enriquecer áreas específicas del genoma en variedades vegetales

· revelar la estructura de los racimos de genes biosintéticos en variedades de cebada sin genoma de referencia

· llenar el vacío en la estructura de los clústeres genéticos de biosíntesis en las variedades de tomate

Ejemplo de aplicación:

1, amplificación precisa de todo el Genoma

De hecho, el 99% del genoma objetivo está cubierto por la lectura de secuenciación de la biblioteca en más de una ocasión.

El uso de la tecnología xdrop dmda para ampliar los genes puede ampliar todos los genes de manera fiel y precisa, incluso cuando la entrada es tan baja como 1 pg.

2. fase de fase genética

El alquenio cyp2d6 * 7 contiene un solo Polimorfismo de nucleótido (snp), mientras que el cyp2d6 * 25a contiene 22 snp.

La tecnología xdrop puede medir con precisión las 23 variantes, incluida la fase (ver figura a continuación).

Xdrop proporciona soporte para aplicaciones a través de un diseño simple y la captura de secuencias indirectas de fragmentos de ADN largos (~ 100 kb). En combinación con la secuenciación a largo plazo, xdrop superó la dificultad de la fase genética en una sola muestra heterogénea genética.

La alta fidelidad enriquecida permite detectar uno o más SNP en los alleles y permite ensamblar desde cero para resolver cambios estructurales.

3. monitorear cambios estructurales complejos en los genes

Un análisis detallado de las lecturas que cruzan los puntos de interrupción muestra la presencia de múltiples sitios de integración hpv18 en regiones del cromosoma 8. Los conjuntos de datos pacbio, Oxford nanopore e llumina admiten sitios de integración identificados.

La tecnología xdrop es un nuevo método de enriquecimiento de ADN dirigido, cuya singularidad es que se pueden seleccionar, enriquecer y secuenciar fragmentos naturales de adn. Esto permite enriquecer grandes partes del genoma (unos 100 kb), incluidas regiones desconocidas. ¿Usar xdrop? Los fragmentos largos generados por el método no solo son adecuados para la secuenciación de lectura larga, sino que también pueden proporcionar información contextual valiosa para la secuenciación de lectura corta.

4. secuenciación de regiones de interés desconocidas (rois)

La PCR y los métodos de enriquecimiento de ADN dirigidos basados en sondas requieren una optimización intensiva del diseño y un conocimiento completo de las regiones de interés (roi). Estos métodos tradicionales también han fracasado en la caracterización de entornos genómicos complejos (como regiones repetidas, variaciones estructurales, regiones ricas en gc) y regiones desconocidas y reorganizadas. Para superar estas limitaciones, samplix ha desarrollado un nuevo método microfluídico, el flujo de trabajo enriquecido con xdrop basado en la captura de secuencias indirectas.

Xdrop puede enriquecer las áreas de ADN objetivo largas (~ 100 kb) que requieren el diseño de un solo par de Primers en la secuencia de detección, que corresponden a una pequeña parte o área lateral del roi. El amplicón se utiliza específicamente para detectar, seleccionar y enriquecer el roi de longitud completa, y finalmente se captura y secuencia.

¿Usar xdrop? La capacidad de la tecnología para abordar estas áreas desafiantes abre la puerta a abordar muchas otras, que pueden representar un gran porcentaje del genoma. Combinando el enriquecimiento de xdrop con técnicas de secuenciación de lectura larga y corta, se puede proporcionar la alta resolución necesaria para resolver escenarios genómicos complejos de manera rápida y económica, eludiendo la secuenciación de todo el genoma.

5. identificar y confirmar las operaciones de edición genética crispr

Con un diseño sencillo y la captura de secuencias indirectas de fragmentos de ADN largos, xdrop ayuda a identificar sitios de inserción transgénica que suelen ser difíciles de encontrar y costosos.

La integración aleatoria en la construcción y la presencia de secuencias genómicas del huésped complican la identificación de sitios de integración. Xdrop hace que la verificación de la ingeniería genómica sea sencilla y clara.

Proceso experimental

1. reactivos DPC mixtos

Añadir ADN a una mezcla de reacción DPC que contiene pri - MERS específicos del objetivo.

2. producción de gotas en tabletas

La reacción se distribuye en el chip del generador de gotas para producir gotas de agua en paquetes de agua (de).

3. reacción en cadena de la polimerasa de microgotas de alta resolución

Las gotas circulan por calor y pueden ejecutar millones de operaciones PCR - RE en paralelo. Al detectar gotas fluorescentes, se pueden identificar las gotas que transportan las moléculas de ADN objetivo.

4. recuento y separación de gotas

La detección y separación se realiza con un dispositivo de clasificación celular (facs) que permite recoger gotas positivas PCR que contienen moléculas de ADN objetivo

5. amplificación del ADN enriquecido

Las moléculas ricas de fragmentos de ADN largo se amplifican a través de la amplificación de múltiples movimientos de gotas (dmda) para garantizar una amplificación imparcial del ADN y una cobertura uniforme de la región objetivo.

Referencias

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5. Las deleciones de CRISPR/Cas9 inducen efectos genómicos adversos en la diana que conducen al ADN funcional en células humanas Keyi Geng, Lara Garcia Merino, Linda Wedemann, etc.

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Autorización del agente del fabricante samplix: