La función del sistema de vacío es expulsar el gas no condensable y el aire extraído de la trampa fría para establecer un vacío que pueda mantener la tasa de sublimación del producto. El alto vacío reduce efectivamente la resistencia del flujo de aire de vapor de agua, al tiempo que evita la oxidación debido a la ausencia de aire durante el proceso de secado.

Al congelar y secar al vacío, la presión en la trampa fría no es lo más baja posible, sino que debe controlarse dentro de un cierto rango. La baja presión es, por supuesto, propicia para la sublimación del hielo en el producto. Sin embargo, debido a que la presión es demasiado baja para la transferencia de calor, el producto no es fácil de obtener calor, sino que la tasa de sublimación disminuye.

Cuando la presión es demasiado alta, la tasa de sublimación del hielo en el producto se ralentiza, por lo que la temperatura del producto en sí aumenta, y cuando está por encima de un cierto nivel, el producto se derrite, lo que resulta en un fracaso de liofilización.