Los diferentes métodos de conservación de los rellenos de las columnas cromatográficas también son diferentes. En general, la mayoría de las columnas de separación aniónica se conservan en condiciones alcalinas y las columnas de separación catiónica se conservan en condiciones ácidas. Cuando se necesita un largo tiempo de conservación (más de 30 días), primero se bombea el líquido de conservación en la columna según sea necesario, luego se retira la columna del instrumento y se bloquea ambos extremos de la columna con una conexión sin agujeros y se conserva a baja temperatura. No se necesita un corto período de tiempo, se debe encender al menos una vez a la semana para que el instrumento funcione 1 - 2h.